На месте, где сейчас стоит Бордигера, еще в V веке до н.э. обосновались племена лигуров, которые строили укрепленные поселения и занимались земледелием и скотоводством. В древнеримскую эпоху через эту область проходила дорога императора Юлия Августа, соединявшая Лигурию и Галлию, строительство которой было начато в 13 году до н.э.
Как рассказывает легенда, в 411 году к берегу Бордигеры причалил отшельник по имени Ампелий, прибывший из Египта, и привез в дар городу семена финиковой пальмы. Благодаря ему Бордигера стала «королевой пальм» на лигурийском побережье, а сам Ампелий считается святым покровителем города.
В официальных исторических документах Бордигера упоминается с 1254 года, когда она еще была небольшим поселком, подчиненным соседней Вентимилье.
В 1470 году несколько семей, объединившись, решили перестроить город, для чего были возведены городские стены и Бордигера превратилась в укрепленную крепость на берегу моря.
В 1543 году вслед за Ниццей и другими городами Лигурии, Бордигера пережила нашествие турков. В 1795 году Бордигера вошла в состав Первой французской империи, а в 1815 году в ходе Венского конгресса передана в составе Лигурии Сардинскому королевству. В состав Королевства Италия Бордигера была включена в 1861 году.
Бордигеру называют "городом цветов" из-за множества живописных парков с экзотическими растениями, растянувшимися вдоль побережья.